اگر بخواهیم مجلات بین اللملی را از نظر درجه و اعتبار بررسی کنیم، بایستی تفاوت موسسات اصلی نمایه کننده (ایندکس) مجلات را بدانیم. در حالت کلی چهار ایندکس کننده معتبر بین المللی در علوم مختلف عبارتند از شرکت تامسون رویترز (Thomson Reuters)، اسکوپوس (Scopus)، پایگاه استنادی علوم جهان اسلام (ISC) و در زمینه پزشکی هم پاب مد (PubMed) مهمترین ابزار برای جستجوی پایگاه داده های آزاد (دیتابیس) مدلاین است.

مجلات تامسون (ISI, WOS)

شرکت تامسون رویترز (Thomson Reuters) یک شرکت چندملیتی است که زیر مجموعه‌هایی دارد که یکی از این زیر مجموعه‌ها پایگاه  Web of Science (WOS) می‌باشد، پایگاه (WOS) یک نمایه استنادی علمی است که توسط تامسون رویترز ایجاد شده است که جستجوی استنادی جامع را فراهم می‌کند. به صورت عامیانه و متداول مقالاتی که در این پایگاه نمایه می‌شوند به مقالات ISI  شهرت یافته اند، WOS دو نوع مجله دارد که یکی دارای ایمپکت فاکتور بوده و دیگری بدون ایمپکت فاکتور هستند، به مجلاتی از WOS  که دارای ایمپکت فاکتور هستند مجلات JCR  گفته می‌شود و به مجلات بدون ایمپکت فاکتور، مجلات ISI Listed گویند.

مجلات اسکوپوس (Scopus)

اسکوپوس یکی از نمایه‌های استنادی معتبر و شناخته‌شده‌است که اطلاعات کتاب‌شناختی حدود ۲۵ میلیون سند را در خود جمع‌آوری کرده‌است. اسکوپوس اطلاعات محصولات حدود ۵هزار ناشر علمی را از سراسر جهان در خود جای داده‌است. در مجموع اسکوپوس اطلاعات ۱۶ هزار و پانصد مجله علمی پژوهشی را در خود نمایه کرده‌است. اسکوپوس(Scopus) یکی از محصولات الزویر (Elsevier) است که استفاده از اطلاعات آن نیاز به اشتراک و پرداخت هزینه دارد.

اسکوپوس همه حیطه‌های علوم که شامل علوم زیستی، فیزیک و شیمی و علوم اجتماعی می‌شود را در برمی‌گیرد. در مقایسه‌ای که با WOS انجام شده، اسکوپوس حدود ۲۰ درصد پوشش بیشتری از آن داشته ‌است اما مقالات قبل از سال ۱۹۹۵ را ندارد بر خلاف WOS که تا سال ۱۹۴۵ را شامل می‌شود و گوگل اسکالر نسبت به این پایگاه‌ها دقت کمتری دارد.

مجلات ISC

پایگاه استنادی علوم جهان اسلام (ISC) یک سامانه اطلاع رسانی علمی است که در صدد تجزیه و تحلیل مجلات علمی کشورهای اسلامی بر اساس معیارهای علم سنجی معتبر اسلامی می‌باشد. پس از تامسون و اسکوپوس، ISC (پایگاه استنادی علوم جهان اسلام) سومین پایگاه استنادی برای سنجش عملکرد پژوهشی کشورها محسوب می شود که ۵٧ کشور در آن مشارکت دارند.

مجلات پاب مد (PubMed)

پاب‌مِد (PubMed) مهمترین ابزار برای جستجوی پایگاه داده‌های آزاد (دیتابیس) مدلاین است، که حاوی اطلاعات بیبلیوگرافی پژوهشی برای تمام رشته‌های علوم پزشکی و زیست‌شناسی است. این دیتابیس تا سال ۲۰۰۸ حاوی ۱۷ میلیون عنوان بود که قدیمی‌ترین آن‌ها به سال ۱۸۶۵ باز می‌گردد. پاب مد مجموعه‌ای از اطلاعات کیفی مرکز ملی اطلاعات زیست‌فناوری و سایر نهادهای و سازمان‌های دولتی حوزه سلامت ایالات متحده آمریکا است. این دیتابیس بطور رایگان برای جهانیان قابل دسترس است.